Hiệp định đầu tư Việt Nam – Nhật Bản (sau đây gọi là “Hiệp định này”) là điều ước quốc tế do Chính phủ Nhật Bản và Chính phủ Việt Nam ký kết vào ngày 14 tháng 11 năm 2003, chính thức có hiệu lực từ ngày 19 tháng 12 năm 2004, trong đó quy định về nguyên tắc đối xử quốc gia và đối xử tối huệ quốc.
Hiệp định này quy định các vấn đề liên quan đến việc nhà đầu tư Nhật Bản đầu tư vào Việt Nam. Khác với các cam kết WTO, Hiệp định này được xây dựng theo phương thức danh mục hạn chế (negative list). Do đó, về nguyên tắc, có thể hiểu rằng đối với các ngành, nghề hoặc lĩnh vực không được liệt kê trong danh mục hạn chế của Hiệp định đầu tư Việt Nam – Nhật Bản, nhà đầu tư Nhật Bản có thể tự do đầu tư vào Việt Nam (Luật Đầu tư hiện hành của Việt Nam cũng đã chuyển từ phương thức danh mục cho phép sang phương thức danh mục hạn chế). Nói cách khác, đối với nhà đầu tư Nhật Bản, ngay cả trường hợp một ngành nghề chưa được mở cửa theo cam kết WTO, nếu ngành nghề đó không thuộc danh mục hạn chế của Hiệp định đầu tư Việt Nam – Nhật Bản thì vẫn có thể được xem là có cơ sở để triển khai hoạt động kinh doanh đó tại Việt Nam (trường hợp thuộc ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện thì vẫn cần đáp ứng riêng các điều kiện tương ứng).
Tuy nhiên, trên thực tế, phần lớn các cơ quan có thẩm quyền chưa nắm rõ sự tồn tại của Hiệp định đầu tư Việt Nam – Nhật Bản và thường chỉ áp dụng các cam kết WTO. Bản thân nhà đầu tư, cũng như các đơn vị tư vấn hỗ trợ nhà đầu tư trong quá trình đầu tư vào Việt Nam, nhiều khi cũng chưa có đầy đủ kiến thức về Hiệp định đầu tư Việt Nam – Nhật Bản và chưa chủ động làm việc để đề nghị cơ quan có thẩm quyền áp dụng Hiệp định này. Vì vậy, đối với nhà đầu tư Nhật Bản, chúng tôi khuyến nghị nên dành thời gian trao đổi, làm việc và thuyết phục cơ quan có thẩm quyền của Việt Nam trên cơ sở Hiệp định đầu tư Việt Nam – Nhật Bản, vốn có thể mang lại cơ sở pháp lý thuận lợi hơn so với cam kết WTO.