Trong bối cảnh hoạt động đầu tư, mua bán – sáp nhập (M&A) và tái cấu trúc doanh nghiệp tại Việt Nam ngày càng gia tăng cả về quy mô lẫn mức độ phức tạp, nghĩa vụ thuế phát sinh từ các giao dịch chuyển nhượng tiếp tục là một trong những vấn đề được doanh nghiệp và nhà đầu tư đặc biệt quan tâm. “Thuế thu nhập từ chuyển nhượng” được hiểu là khoản nghĩa vụ thuế phát sinh đối với phần thu nhập, lợi tức mà bên chuyển nhượng thu được từ việc chuyển giao vốn, cổ phần hoặc các quyền, lợi ích kinh tế gắn liền với vốn tại doanh nghiệp.

Giai đoạn 2025–2026 đánh dấu những thay đổi quan trọng trong chính sách thuế khi Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2025, Nghị định số 320/2025/NĐ-CP hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp, cùng Công văn số 4658/CT-CS của Cục Thuế ngày 29/10/2025 và các quy định liên quan chính thức có hiệu lực. Các văn bản này được kỳ vọng sẽ tác động trực tiếp và sâu rộng đến cách thức xác định nghĩa vụ thuế đối với các giao dịch chuyển nhượng vốn, cổ phần, đặc biệt trong bối cảnh ngày càng gia tăng các giao dịch có yếu tố nước ngoài và sự tham gia sâu rộng của nhà đầu tư nước ngoài tại Việt Nam.

Trên cơ sở đó, bài viết này tập trung phân tích các điểm mới đáng chú ý liên quan đến phạm vi áp dụng, các trường hợp miễn trừ tiềm năng, cũng như nghĩa vụ và thời hạn kê khai thuế trong bối cảnh pháp lý đang trong giai đoạn chuyển tiếp. Qua đó, đưa ra một số lưu ý thực tiễn nhằm hỗ trợ doanh nghiệp và nhà đầu tư trong việc đánh giá rủi ro, chuẩn bị phương án tuân thủ phù hợp với quy định pháp luật hiện hành cũng như định hướng quản lý của cơ quan thuế.

1.1. Bối cảnh pháp lý

Trong thực tiễn áp dụng pháp luật thuế tại Việt Nam, việc phân định giữa chuyển nhượng trực tiếp và chuyển nhượng gián tiếp trong các giao dịch chuyển nhượng vốn đã từng là vấn đề gây nhiều tranh luận kéo dài. Theo đó:

·      “Chuyển nhượng trực tiếp” được hiểu là việc chuyển nhượng phần vốn góp hoặc cổ phần tại doanh nghiệp được thành lập và hoạt động theo pháp luật Việt Nam, trong đó đối tượng chuyển nhượng là phần vốn/cổ phần tại pháp nhân Việt Nam.

·      “Chuyển nhượng gián tiếp” là việc chuyển nhượng phần vốn, cổ phần tại công ty mẹ, công ty holding, quỹ đầu tư hoặc pháp nhân ở nước ngoài, nhưng giá trị chuyển nhượng chủ yếu hoặc đáng kể được hình thành từ phần vốn, quyền lợi kinh tế hoặc tài sản tại Việt Nam.

Trước thời điểm Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2025 và các văn bản hướng dẫn được ban hành, pháp luật thuế Việt Nam chưa có quy định mang tính khái niệm hoặc tiêu chí pháp lý rõ ràng để phân định hai hình thức chuyển nhượng nêu trên. Các dự thảo văn bản trước đây chủ yếu đề cập đến mức thuế suất 2% trên doanh thu đối với các trường hợp mà chủ sở hữu “không trực tiếp quản lý doanh nghiệp”. Cách diễn đạt này dẫn đến cách hiểu rằng các giao dịch chuyển nhượng trực tiếp và gián tiếp có thể bị áp dụng cơ chế thuế khác nhau; hoặc một số giao dịch chuyển nhượng trực tiếp thậm chí có thể bị xem xét áp dụng mức thuế bất lợi hơn, tùy theo cách diễn giải của cơ quan thuế.

→ Sự thiếu rõ ràng trong khung pháp lý nêu trên đã làm gia tăng đáng kể rủi ro pháp lý và rủi ro tuân thủ thuế đối với nhà đầu tư, đặc biệt trong các giao dịch M&A xuyên biên giới có cấu trúc sở hữu nhiều tầng, sử dụng pháp nhân trung gian hoặc quỹ đầu tư ở nước ngoài. Trong những trường hợp này, việc phân loại giao dịch là chuyển nhượng trực tiếp hay gián tiếp có thể ảnh hưởng trực tiếp đến:

·      Căn cứ tính thuế (doanh thu hay thu nhập chịu thuế);

·      Thuế suất áp dụng;

·      Nghĩa vụ kê khai, khấu trừ và trách nhiệm thuế của các bên liên quan.

1.2. Cách tiếp cận mới theo Nghị định 320/2025/NĐ-CP

Nghị định số 320/2025/NĐ-CP đã cơ bản tháo gỡ các vướng mắc tồn tại trong thực tiễn áp dụng pháp luật thuế đối với các giao dịch chuyển nhượng vốn thông qua việc thiết lập một cách tiếp cận thống nhất, minh bạch và có tính hệ thống đối với thu nhập từ chuyển nhượng vốn có liên quan đến Việt Nam.

(i) Thống nhất phạm vi điều chỉnh đối với thu nhập từ chuyển nhượng vốn

Theo quy định tại Khoản 4 Điều 3 Nghị định số 320/2025/NĐ-CP, “Thu nhập từ chuyển nhượng vốn của doanh nghiệp nước ngoài” được xác định là thu nhập chịu thuế tại Việt Nam không phân biệt hình thức chuyển nhượng là trực tiếp hay gián tiếp, miễn là thu nhập đó có nguồn gốc gắn liền với doanh nghiệp hoặc tài sản tại Việt Nam.

Quy định này đã khẳng định rõ nguyên tắc tiếp cận theo bản chất kinh tế của giao dịch, theo đó mọi giao dịch chuyển nhượng vốn có liên quan đến Việt Nam đều được đặt trong cùng một phạm vi điều chỉnh thống nhất của pháp luật thuế, thay vì phụ thuộc vào cấu trúc pháp lý hay hình thức kỹ thuật của giao dịch.

→ Đây được xem là bước tiến đáng kể nhằm bảo đảm tính nhất quán trong áp dụng pháp luật, đồng thời giảm thiểu nguy cơ phát sinh tranh chấp do cách hiểu và diễn giải khác nhau giữa người nộp thuế và cơ quan thuế trong các giao dịch chuyển nhượng vốn, đặc biệt là các giao dịch M&A xuyên biên giới.

(ii) Chuyển từ tiêu chí định tính sang liệt kê các trường hợp loại trừ cụ thể

Tại điểm i Khoản 3 Điều 12 Nghị định số 320/2025/NĐ-CP, Nghị định đã loại bỏ tiêu chí “trực tiếp quản lý” mang tính định tính và dễ gây tranh cãi và thay thế bằng cách tiếp cận liệt kê cụ thể các trường hợp không áp dụng thuế suất 2% trên doanh thu đối với thu nhập từ chuyển nhượng vốn.

Theo đó, thuế suất 2% trên doanh thu từ chuyển nhượng vốn được áp dụng trên nguyên tắc chung, trừ trường hợp giao dịch tái cơ cấu sở hữu trong nội bộ tập đoàn mà:

·      Không làm thay đổi công ty mẹ tối cao của các bên tham gia;

·      Sau tái cơ cấu, các bên vẫn có sở hữu trực tiếp hoặc gián tiếp đối với doanh nghiệp tại Việt Nam; và

·      Giao dịch không làm phát sinh thu nhập thực tế.

→ Cách tiếp cận này thể hiện sự dịch chuyển rõ rệt từ việc áp dụng các tiêu chí mang tính định tính, chủ quan sang việc xác định các trường hợp loại trừ cụ thể và có điều kiện, qua đó góp phần làm rõ hơn phạm vi áp dụng thuế và nâng cao khả năng dự liệu nghĩa vụ thuế trong thực tiễn.

Tuy nhiên, cần lưu ý rằng khái niệm “tái cơ cấu” hiện vẫn chưa được định nghĩa một cách đầy đủ và thống nhất trong hệ thống pháp luật Việt Nam. Do đó, trên thực tế, khả năng được áp dụng cơ chế loại trừ hoặc miễn trừ thuế đối với các giao dịch tái cơ cấu nội bộ tập đoàn vẫn phụ thuộc đáng kể vào cách hiểu, quan điểm và đánh giá của cơ quan thuế có thẩm quyền trong từng trường hợp cụ thể, đặc biệt trong các giao dịch có cấu trúc sở hữu phức tạp hoặc đa tầng.

1.3. So sánh phương pháp tính thuế theo quy định hiện hành và Nghị định 320/2025/NĐ-CP

(i) Đối với chuyển nhượng vốn trực tiếp

→ Có thể thấy, cách tiếp cận mới theo Nghị định 320/2025/NĐ-CP thể hiện sự dịch chuyển từ cơ chế đánh thuế trên lợi nhuận sang cơ chế đánh thuế trên doanh thu, qua đó đơn giản hóa phương pháp tính thuế nhưng đồng thời làm gia tăng rủi ro thuế trong các giao dịch chuyển nhượng lỗ hoặc tái cấu trúc tài chính.

(ii) Đối với chuyển nhượng vốn gián tiếp

→ Việc chính thức hóa phương pháp tính thuế đối với chuyển nhượng vốn gián tiếp theo hướng áp dụng thuế suất 2% trên giá trị phân bổ cho Việt Nam được xem là bước tiến quan trọng trong việc lấp khoảng trống pháp lý tồn tại lâu nay. Tuy nhiên, trên thực tế, việc xác định nguyên tắc và phương pháp phân bổ giá chuyển nhượng cho Việt Nam vẫn có thể phát sinh nhiều tranh luận, đặc biệt trong các cấu trúc sở hữu đa tầng và giao dịch M&A xuyên biên giới phức tạp.

Trong các dự thảo Nghị định trước đây, đã tồn tại rủi ro pháp lý đáng kể trong việc phân loại giao dịch đối với trường hợp một công ty nước ngoài chuyển nhượng toàn bộ phần vốn vào một công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên được thành lập tại Việt Nam, đặc biệt khi doanh nghiệp mục tiêu có sở hữu bất động sản hoặc có giá trị hoạt động gắn liền chủ yếu với bất động sản. Trong bối cảnh đó, các giao dịch chuyển nhượng vốn nêu trên có nguy cơ bị tái phân loại thành giao dịch chuyển nhượng bất động sản, kéo theo việc áp dụng thuế suất 20% trên thu nhập tính thuế, thay vì áp dụng cơ chế thuế đối với chuyển nhượng vốn với mức thuế suất 2% trên doanh thu.

Rủi ro này chủ yếu bắt nguồn từ cách diễn đạt chưa thực sự rõ ràng và mang tính loại trừ hạn chế tại Điều 12 của các dự thảo trước đây, theo đó phạm vi loại trừ đối với chuyển nhượng bất động sản chỉ được giới hạn trong một số trường hợp được liệt kê tương đối hẹp tại Điều 11.2. Cách tiếp cận này đã tạo ra dư địa diễn giải rộng cho cơ quan quản lý, theo hướng coi việc chuyển nhượng vốn tại doanh nghiệp có sở hữu hoặc khai thác bất động sản là một hình thức chuyển nhượng bất động sản về bản chất, bất kể hình thức pháp lý của giao dịch.

Thông qua việc sửa đổi điểm i Khoản 3 Điều 12 theo hướng bao quát toàn bộ các giao dịch chuyển nhượng vốn của doanh nghiệp nước ngoài, Nghị định 320/2025/NĐ-CP đã thu hẹp đáng kể khả năng áp dụng cách hiểu mở rộng đối với khái niệm “chuyển nhượng bất động sản”

→ Theo đó, một nguyên tắc quan trọng đã được xác lập trong thực tiễn áp dụng pháp luật thuế là: giao dịch chuyển nhượng vốn vẫn được xác định và xử lý là chuyển nhượng vốn, kể cả trong trường hợp doanh nghiệp mục tiêu có sở hữu hoặc giá trị gắn liền với bất động sản, trừ khi pháp luật có quy định đặc thù hoặc thiết lập cơ chế thuế riêng áp dụng cho từng loại giao dịch cụ thể. Nguyên tắc này góp phần tăng tính dự liệu cho nhà đầu tư, đồng thời hạn chế rủi ro bị áp dụng sai cơ chế thuế trong các giao dịch M&A có yếu tố bất động sản.

3.1. Thời hạn kê khai theo hướng dẫn tại Công văn số 4685

Công văn số 4685 của Cục Thuế đã làm rõ một nội dung có ý nghĩa thực tiễn đặc biệt quan trọng liên quan đến thời điểm phát sinh nghĩa vụ kê khai và nộp thuế đối với thu nhập từ chuyển nhượng vốn. Theo hướng dẫn tại Công văn này, người nộp thuế có trách nhiệm thực hiện kê khai và nộp thuế trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày chuyển giao quyền sở hữu vốn.

Thời điểm chuyển giao quyền sở hữu vốn được xác định là thời điểm quyền sở hữu hợp pháp đối với phần vốn chuyển nhượng được xác lập theo hồ sơ pháp lý có liên quan, chẳng hạn như thời điểm hoàn tất thủ tục thay đổi thành viên/cổ đông trên Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc các tài liệu pháp lý tương đương theo quy định của pháp luật doanh nghiệp. Đáng lưu ý, thời hạn kê khai và nộp thuế không phụ thuộc vào việc bên nhận chuyển nhượng đã hoàn tất nghĩa vụ thanh toán hay chưa, cũng như không gắn với thời điểm thực nhận tiền chuyển nhượng trên thực tế.

→ Quy định này đặt ra yêu cầu tuân thủ nghiêm ngặt về mặt thời hạn, đồng thời có thể dẫn đến tình huống bên chuyển nhượng phải thực hiện nghĩa vụ thuế trước khi thực tế thu đủ hoặc thậm chí chưa thu được giá trị chuyển nhượng. Trên phương diện thực tiễn, điều này làm phát sinh áp lực đáng kể về dòng tiền, đòi hỏi nhà đầu tư và doanh nghiệp phải chủ động dự liệu nghĩa vụ thuế, xây dựng điều khoản thanh toán phù hợp trong hợp đồng chuyển nhượng và bố trí sẵn nguồn tài chính ngay từ thời điểm giao dịch được hoàn tất về mặt pháp lý.

3.2. Trường hợp giá chuyển nhượng chưa được xác định tại thời điểm chuyển giao quyền sở hữu vốn

Trong một số giao dịch chuyển nhượng vốn, tại thời điểm chuyển giao quyền sở hữu vốn, giá trị chuyển nhượng chưa được xác định một cách chính thức hoặc cuối cùng, chẳng hạn như các giao dịch có cơ chế điều chỉnh giá, điều khoản earn-out hoặc các điều kiện thanh toán phụ thuộc vào kết quả kinh doanh trong tương lai của doanh nghiệp mục tiêu. Đối với các trường hợp này, theo hướng dẫn của cơ quan thuế, người nộp thuế được phép áp dụng cơ chế kê khai linh hoạt hơn, cụ thể:

·      Thực hiện kê khai thuế tạm thời trên cơ sở giá trị chuyển nhượng ước tính tại thời điểm chuyển giao quyền sở hữu vốn; và

·      Thực hiện kê khai bổ sung, điều chỉnh trong kỳ tính thuế tương ứng với thời điểm chuyển giao quyền sở hữu vốn, ngay khi giá trị chuyển nhượng cuối cùng được xác định theo thỏa thuận của các bên.

→ Tuy nhiên, cần lưu ý rằng việc kê khai bổ sung, điều chỉnh nêu trên không làm thay đổi thời điểm phát sinh nghĩa vụ thuế ban đầu, cũng như không kéo dài thời hạn kê khai và nộp thuế theo quy định. Do đó, trên phương diện thực tiễn, nhà đầu tư và doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ pháp lý, phương án xác định giá ước tính hợp lý và kế hoạch kê khai phù hợp ngay từ giai đoạn cấu trúc giao dịch, đồng thời chủ động dự liệu nguồn tài chính cần thiết nhằm hạn chế rủi ro vi phạm nghĩa vụ kê khai và áp lực dòng tiền phát sinh ngoài dự kiến trong quá trình thực hiện giao dịch.

KẾT LUẬN

Những cập nhật từ Nghị định số 320/2025/NĐ-CP và Công văn số 4685 cho thấy xu hướng ngày càng nhất quán của cơ quan quản lý thuế trong việc: (i) mở rộng và thống nhất phạm vi áp dụng thuế đối với thu nhập từ chuyển nhượng vốn, không phân biệt hình thức trực tiếp hay gián tiếp; (ii) thu hẹp các khoảng trống pháp lý trong việc phân loại giao dịch và xác định bản chất kinh tế của hoạt động chuyển nhượng; và (iii) tăng cường kỷ luật tuân thủ, thông qua việc áp dụng các mốc thời gian kê khai và nộp thuế mang tính bắt buộc, chặt chẽ và có khả năng thực thi cao hơn trong thực tiễn.

Trong bối cảnh đó, các nhà đầu tư, đặc biệt là nhà đầu tư nước ngoài, cần chủ động triển khai một số biện pháp chuẩn bị và phòng ngừa rủi ro, bao gồm:

• Rà soát toàn diện cấu trúc giao dịch chuyển nhượng vốn, nhất là các giao dịch M&A có yếu tố xuyên biên giới, sử dụng pháp nhân trung gian hoặc có cấu trúc sở hữu nhiều tầng;
• Đánh giá thận trọng khả năng áp dụng các cơ chế miễn trừ hoặc loại trừ nghĩa vụ thuế, trên cơ sở bản chất giao dịch, hồ sơ pháp lý đầy đủ và thực tiễn giải thích, áp dụng của cơ quan thuế;
• Chủ động xây dựng kế hoạch kê khai và nộp thuế, bám sát thời điểm chuyển giao quyền sở hữu vốn, đồng thời dự liệu trước các tác động về dòng tiền và nghĩa vụ tài chính phát sinh trong từng kịch bản giao dịch.

Việc tham vấn ý kiến của luật sư và chuyên gia thuế ngay từ giai đoạn cấu trúc giao dịch không chỉ giúp giảm thiểu rủi ro pháp lý và rủi ro tuân thủ, mà còn góp phần nâng cao tính dự đoán, ổn định và hiệu quả của các quyết định đầu tư tại Việt Nam, đặc biệt trong bối cảnh khung pháp lý về thuế và đầu tư đang tiếp tục được hoàn thiện và siết chặt theo hướng tiệm cận thông lệ quốc tế.