Dưới đây là phần phân tích, cập nhật mới nhất về thuế đối với thu nhập từ chuyển nhượng phần vốn góp/cổ phần tại Việt Nam trên cơ sở Nghị định 320/2025/NĐ-CP và các công văn của cơ quan thuế. Nội dung bài viết phân tích toàn diện các vấn đề như phân biệt chuyển nhượng trực tiếp và chuyển nhượng gián tiếp, cách tránh việc áp dụng nhầm cơ chế thuế đối với bất động sản, thời hạn kê khai thuế và các lưu ý trong thực tiễn.

Công ty Luật BETOHO / BETOHO LAW FIRM là một trong số ít công ty luật tiếp cận vấn đề thuế từ góc nhìn pháp lý, đã hỗ trợ giải quyết nhiều vấn đề thuế cho các doanh nghiệp Nhật Bản đang hoạt động kinh doanh tại Việt Nam và đạt được những kết quả thực tiễn vững chắc.

Cập nhật mới nhất về thuế đối với thu nhập từ chuyển nhượng phần vốn góp/cổ phần tại Việt Nam giai đoạn 2025–2026

Trong những năm gần đây, tại Việt Nam, các hoạt động đầu tư, mua bán và sáp nhập doanh nghiệp (M&A), cũng như các giao dịch tái cơ cấu doanh nghiệp đang gia tăng mạnh mẽ cả về số lượng, quy mô và mức độ phức tạp. Cùng với sự gia tăng của các giao dịch này, nghĩa vụ thuế phát sinh từ giao dịch chuyển nhượng tiếp tục là một vấn đề đặc biệt quan trọng mà doanh nghiệp và nhà đầu tư cần xem xét kỹ lưỡng.

Nhìn chung, “thuế đối với thu nhập từ chuyển nhượng” được hiểu là nghĩa vụ thuế áp dụng đối với khoản thu nhập hoặc lợi ích mà bên chuyển nhượng thu được từ việc chuyển nhượng phần vốn góp, cổ phần trong doanh nghiệp, hoặc các quyền và lợi ích kinh tế gắn liền với phần vốn góp/cổ phần đó.

【Bối cảnh sửa đổi chính sách thuế giai đoạn 2025–2026】

Giai đoạn từ năm 2025 đến năm 2026 là một giai đoạn chuyển đổi quan trọng, khi Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2025, Nghị định 320/2025/NĐ-CP hướng dẫn thi hành Luật này, cùng các quy định liên quan, trong đó có Công văn số 4658/CT-CS ngày 29/10/2025 của Tổng cục Thuế, lần lượt được ban hành và áp dụng.

Các quy định mới này được dự kiến sẽ có tác động trực tiếp và rộng lớn đến cách xác định quan hệ thuế đối với các giao dịch chuyển nhượng phần vốn góp/cổ phần. Đặc biệt, trong bối cảnh các giao dịch có yếu tố nước ngoài và các giao dịch M&A có sự tham gia của nhà đầu tư nước ngoài ngày càng gia tăng, có thể dự báo rằng cách diễn giải và định hướng quản lý của cơ quan thuế cũng sẽ có những thay đổi nhất định.

Trên cơ sở bối cảnh pháp lý và thể chế như trên, bài viết này sẽ phân tích vấn đề thuế đối với thu nhập từ chuyển nhượng phần vốn góp, cổ phần và các quyền lợi tương tự, tập trung vào các nội dung sau:

• Phạm vi áp dụng theo cơ chế mới;
• Các trường hợp có khả năng không bị đánh thuế hoặc được miễn/trừ;
• Các lưu ý về nghĩa vụ kê khai và thời hạn kê khai trong giai đoạn chuyển tiếp.

Đồng thời, trên cơ sở các vấn đề thường phát sinh trong thực tiễn, bài viết cũng nhằm đưa ra các gợi ý thực tiễn để doanh nghiệp và nhà đầu tư có thể đánh giá phù hợp rủi ro thuế và xây dựng cơ chế tuân thủ phù hợp với quy định hiện hành cũng như định hướng quản lý của cơ quan thuế.

1.1. Bối cảnh pháp lý

Trong thực tiễn thuế tại Việt Nam, việc phân biệt giữa chuyển nhượng trực tiếp và chuyển nhượng gián tiếp phần vốn góp/cổ phần là một vấn đề đã gây tranh luận trong thời gian dài.

Nhìn chung, có thể hiểu như sau.

·      “Chuyển nhượng trực tiếp” là giao dịch chuyển nhượng chính phần vốn góp hoặc cổ phần trong doanh nghiệp được thành lập và hoạt động theo pháp luật Việt Nam. Nói cách khác, đối tượng chuyển nhượng là phần vốn góp/cổ phần của pháp nhân Việt Nam.

·      “Chuyển nhượng gián tiếp” là giao dịch chuyển nhượng phần vốn góp/cổ phần trong công ty mẹ, công ty holding, quỹ đầu tư hoặc pháp nhân nước ngoài khác ở nước ngoài, nhưng phần lớn hoặc một phần quan trọng giá trị chuyển nhượng có nguồn gốc từ doanh nghiệp, lợi ích kinh tế hoặc tài sản tại Việt Nam.

Trước khi Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2025 và các văn bản hướng dẫn thi hành được ban hành, hệ thống pháp luật thuế Việt Nam chưa có khái niệm định nghĩa hoặc tiêu chí pháp lý rõ ràng để phân biệt hai hình thức chuyển nhượng nêu trên.

Ngoài ra, trong các dự thảo quy định trước đây từng sử dụng cách diễn đạt đánh thuế 2% trên doanh thu đối với “chủ sở hữu không trực tiếp quản lý doanh nghiệp”. Tuy nhiên, cách diễn đạt này rất trừu tượng và đã dẫn đến nhiều vướng mắc trong diễn giải, bao gồm:

·      Khả năng áp dụng các phương pháp tính thuế khác nhau giữa chuyển nhượng trực tiếp và chuyển nhượng gián tiếp;

·      Sự không chắc chắn rằng trong một số trường hợp, ngay cả giao dịch chuyển nhượng trực tiếp cũng có thể bị áp dụng mức thuế bất lợi.

→ Sự mơ hồ pháp lý này đã tạo ra rủi ro thuế và rủi ro tuân thủ đáng kể cho nhà đầu tư, đặc biệt trong các giao dịch M&A xuyên biên giới sử dụng cấu trúc sở hữu nhiều tầng, pháp nhân trung gian ở nước ngoài hoặc quỹ đầu tư.

Cụ thể, việc xác định giao dịch là chuyển nhượng trực tiếp hay chuyển nhượng gián tiếp có ảnh hưởng trực tiếp đến các vấn đề sau:

·      Cơ sở tính thuế: đánh thuế trên doanh thu hay đánh thuế trên thu nhập chịu thuế;

·      Thuế suất áp dụng;

·      Nghĩa vụ kê khai, nghĩa vụ khấu trừ tại nguồn và trách nhiệm thuế của các bên liên quan.

1.2. Cách tiếp cận mới theo Nghị định 320/2025/NĐ-CP

Nghị định 320/2025/NĐ-CP đã đưa ra một cách tiếp cận thống nhất và có hệ thống đối với thu nhập từ chuyển nhượng phần vốn liên quan đến Việt Nam, nhằm khắc phục những vướng mắc trong thực tiễn thuế trước đây.

① Thống nhất phạm vi áp dụng đối với thu nhập từ chuyển nhượng phần vốn

Theo khoản 4 Điều 3 của Nghị định này, “thu nhập từ chuyển nhượng phần vốn của doanh nghiệp nước ngoài”, bất kể hình thức chuyển nhượng là trực tiếp hay gián tiếp, sẽ thuộc đối tượng chịu thuế tại Việt Nam nếu khoản thu nhập đó có nguồn gốc từ doanh nghiệp hoặc tài sản tại Việt Nam.

Quy định này thể hiện rõ nguyên tắc đánh thuế dựa trên bản chất kinh tế, thay vì chỉ căn cứ vào hình thức pháp lý của giao dịch.

→ Nói cách khác, tất cả các giao dịch chuyển nhượng phần vốn có liên quan đến Việt Nam sẽ được đánh giá trong cùng một khung pháp lý thuế, không còn phụ thuộc quá nhiều vào cấu trúc kỹ thuật hoặc hình thức pháp lý của giao dịch.

Đây có thể được xem là một bước tiến quan trọng về mặt thể chế, giúp giảm rủi ro tranh chấp giữa người nộp thuế và cơ quan thuế do khác biệt trong cách diễn giải, vốn thường phát sinh trong các giao dịch M&A xuyên biên giới.

② Chuyển từ tiêu chí định tính sang liệt kê cụ thể các trường hợp loại trừ

Bên cạnh đó, tại điểm i khoản 3 Điều 12 của Nghị định này, tiêu chí “quản lý trực tiếp” vốn mơ hồ và mang tính chủ quan trước đây đã bị bãi bỏ. Thay vào đó, Nghị định liệt kê rõ các trường hợp loại trừ cụ thể không áp dụng cơ chế đánh thuế 2% trên doanh thu.

Cụ thể, đối với các giao dịch tái cơ cấu nội bộ trong tập đoàn, thuế 2% trên doanh thu sẽ không được áp dụng nếu đáp ứng đồng thời tất cả các điều kiện sau:

·   Sau giao dịch, công ty mẹ cuối cùng (Ultimate Parent Company) không thay đổi;

·    Sau tái cơ cấu, các bên vẫn tiếp tục nắm giữ trực tiếp hoặc gián tiếp phần vốn trong doanh nghiệp Việt Nam;

·      Giao dịch đó không làm phát sinh thu nhập thực chất.

→ Cách tiếp cận này cho thấy sự chuyển dịch từ tiêu chí đánh giá trừu tượng, định tính sang cơ chế loại trừ với các điều kiện rõ ràng hơn. Điều này giúp người nộp thuế dễ dự đoán trước kết quả thuế của giao dịch.

Tuy nhiên, hiện nay khái niệm “tái cơ cấu” vẫn chưa có một định nghĩa hoàn toàn thống nhất trong pháp luật Việt Nam. Vì vậy, trong thực tiễn, việc một giao dịch tái cơ cấu nội bộ trong tập đoàn có được miễn thuế hoặc thuộc trường hợp loại trừ hay không vẫn phụ thuộc đáng kể vào cách diễn giải và đánh giá của cơ quan thuế trong từng vụ việc cụ thể.

Đặc biệt, đối với các giao dịch có cấu trúc sở hữu phức tạp hoặc nhiều tầng, việc phân tích thuế trước giao dịch và làm việc với cơ quan có thẩm quyền là điều không thể thiếu.

1.3. Cách tiếp cận mới theo Nghị định 320/2025/NĐ-CP

① Trường hợp chuyển nhượng phần vốn trực tiếp

② Trường hợp chuyển nhượng phần vốn gián tiếp

Trong các dự thảo Nghị định trước đây, đối với trường hợp pháp nhân nước ngoài chuyển nhượng 100% phần vốn trong công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên được thành lập tại Việt Nam, từng tồn tại rủi ro pháp lý đáng kể liên quan đến việc phân loại giao dịch.

Đặc biệt, nếu công ty mục tiêu sở hữu bất động sản hoặc phần lớn giá trị kinh doanh của công ty bắt nguồn từ bất động sản, giao dịch chuyển nhượng phần vốn này từng bị đặt ra nguy cơ bị tái phân loại là “chuyển nhượng bất động sản” thay vì “chuyển nhượng phần vốn”.

Nếu việc tái phân loại này được áp dụng, một giao dịch vốn dĩ phải được xử lý là chuyển nhượng phần vốn và chịu thuế 2% trên doanh thu chuyển nhượng có thể bị xử lý như chuyển nhượng bất động sản, chịu thuế 20% trên thu nhập chịu thuế. Điều này có thể dẫn đến kết quả thuế cực kỳ bất lợi cho nhà đầu tư.

【Bối cảnh phát sinh rủi ro】

Rủi ro này chủ yếu bắt nguồn từ việc cách diễn đạt tại Điều 12 trong các dự thảo cũ chưa đủ rõ ràng và các quy định loại trừ còn mang tính hạn chế. Cụ thể, phạm vi các giao dịch không bị xem là chuyển nhượng bất động sản được liệt kê tương đối hẹp tại khoản 2 Điều 11. Do đó, vẫn còn dư địa để cơ quan thuế diễn giải rộng rằng “việc chuyển nhượng phần vốn trong doanh nghiệp sở hữu hoặc sử dụng bất động sản thực chất là chuyển nhượng bất động sản”.

Nếu cách hiểu này được áp dụng, giao dịch có thể bị đánh giá lại là chuyển nhượng bất động sản dựa trên bản chất kinh tế, bất kể hình thức pháp lý của giao dịch là chuyển nhượng phần vốn.

【Cách xử lý theo Nghị định 320/2025/NĐ-CP】

Thông qua việc sửa đổi điểm i khoản 3 Điều 12, Nghị định 320/2025/NĐ-CP đã lựa chọn cấu trúc điều chỉnh bao quát đối với tất cả các giao dịch chuyển nhượng phần vốn của doanh nghiệp nước ngoài, đồng thời thu hẹp đáng kể khả năng diễn giải quá rộng khái niệm “chuyển nhượng bất động sản”.

Theo đó, trong thực tiễn thuế, có thể xem là các nguyên tắc quan trọng sau đã được xác lập rõ ràng hơn.

【Nguyên tắc được xác lập trong thực tiễn】

Về nguyên tắc, chuyển nhượng phần vốn trong doanh nghiệp vẫn được xử lý là “chuyển nhượng phần vốn”, ngay cả khi doanh nghiệp đó sở hữu bất động sản hoặc giá trị của doanh nghiệp phụ thuộc lớn vào bất động sản.

Chỉ trong các trường hợp ngoại lệ sau đây mới có thể bị xử lý khác:

·      Trường hợp pháp luật có quy định đặc biệt;

·      Hoặc trường hợp đối với từng loại giao dịch cụ thể, pháp luật đã quy định rõ một cơ chế thuế độc lập.

·      Ngoài các trường hợp đó, giao dịch không bị tái phân loại thành chuyển nhượng bất động sản.

Với cách xử lý này, ngay cả trong các giao dịch M&A có đối tượng là doanh nghiệp nắm giữ bất động sản, nhà đầu tư cũng có thể dự đoán rõ hơn về chế độ thuế áp dụng và giảm đáng kể rủi ro bị áp dụng sai phương pháp tính thuế.

【Thời hạn kê khai theo Công văn số 4685】

Công văn số 4685 do cơ quan thuế ban hành đã đưa ra hướng dẫn đặc biệt quan trọng trong thực tiễn về thời điểm phát sinh nghĩa vụ kê khai và nộp thuế đối với thu nhập từ chuyển nhượng phần vốn. Theo Công văn này, người nộp thuế có nghĩa vụ kê khai và nộp thuế trong vòng 10 ngày kể từ ngày quyền sở hữu phần vốn được chuyển giao.

“Thời điểm chuyển giao quyền sở hữu phần vốn” ở đây được hiểu là thời điểm quyền sở hữu hợp pháp đối với phần vốn chuyển nhượng được xác lập trên cơ sở các tài liệu pháp lý liên quan, cụ thể có thể bao gồm:

·      Ngày hoàn tất thủ tục thay đổi thành viên/cổ đông trên Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp (ERC);

·      Thời điểm hoàn tất tài liệu có hiệu lực pháp lý tương đương theo quy định của Luật Doanh nghiệp.

Điểm đặc biệt cần lưu ý là thời hạn kê khai và nộp thuế không phụ thuộc vào việc bên nhận chuyển nhượng đã hoàn tất thanh toán hay chưa, và cũng không gắn với thời điểm bên chuyển nhượng thực tế nhận được tiền chuyển nhượng.

→ Quy định này đặt ra yêu cầu tuân thủ thời hạn rất nghiêm ngặt. Theo đó, ngay cả khi bên chuyển nhượng chưa thu hồi đầy đủ tiền chuyển nhượng hoặc vẫn đang trong giai đoạn chưa thu được tiền, nghĩa vụ thuế vẫn có thể đã phát sinh và phải được thực hiện.

Trong thực tiễn, quy định này có thể gây ảnh hưởng đáng kể đến dòng tiền. Vì vậy, nhà đầu tư và doanh nghiệp cần:

·      Ước tính trước nghĩa vụ thuế;

·      Thiết kế điều kiện thanh toán trong hợp đồng chuyển nhượng một cách thận trọng;

·     Bảo đảm có sẵn nguồn tiền cần thiết tại thời điểm hoàn tất giao dịch.

【Trường hợp giá chuyển nhượng chưa được xác định tại thời điểm chuyển giao quyền sở hữu phần vốn】

Trong một số giao dịch chuyển nhượng phần vốn, tại thời điểm chuyển giao quyền sở hữu, giá chuyển nhượng có thể chưa được xác định cuối cùng. Ví dụ:

·      Giao dịch có cơ chế điều chỉnh giá;

·      Giao dịch có điều khoản earn-out;

·    Giao dịch có điều kiện thanh toán phụ thuộc vào kết quả kinh doanh tương lai của công ty mục tiêu.

Đối với các trường hợp này, hướng dẫn của cơ quan thuế cho phép áp dụng phương pháp kê khai linh hoạt hơn. Cụ thể, người nộp thuế có thể thực hiện các biện pháp sau:

·      Kê khai thuế tạm thời trên cơ sở giá chuyển nhượng ước tính hợp lý tại thời điểm chuyển giao quyền sở hữu;

·      Khi giá chuyển nhượng được xác định cuối cùng, thực hiện kê khai bổ sung hoặc kê khai điều chỉnh đối với kỳ có phát sinh việc chuyển giao quyền sở hữu đó.

→ Tuy nhiên, việc kê khai bổ sung hoặc điều chỉnh này không làm thay đổi ngày phát sinh nghĩa vụ thuế ban đầu, cũng không có tác dụng gia hạn thời hạn kê khai và nộp thuế.

Do đó, trong thực tiễn, ngay từ giai đoạn cấu trúc giao dịch, các bên cần:

·      Chuẩn bị đầy đủ hồ sơ pháp lý;

·      Chuẩn bị phương pháp ước tính giá hợp lý;

·      Thiết kế lịch trình kê khai thuế phù hợp;

·      Bảo đảm trước nguồn tiền cần thiết.

Nhờ đó, doanh nghiệp và nhà đầu tư có thể hạn chế tối đa rủi ro vi phạm nghĩa vụ kê khai cũng như rủi ro phát sinh gánh nặng tài chính ngoài dự kiến.

【Kết luận】

Chuỗi sửa đổi và hướng dẫn theo Nghị định 320/2025/NĐ-CP và Công văn số 4685 cho thấy định hướng quản lý của cơ quan thuế Việt Nam đang ngày càng nhất quán hơn theo các hướng sau:

·      Thứ nhất, mở rộng và thống nhất phạm vi đánh thuế đối với thu nhập từ chuyển nhượng phần vốn. Dù là chuyển nhượng trực tiếp hay gián tiếp, thu nhập có liên quan đến Việt Nam sẽ được xác định là đối tượng chịu thuế một cách toàn diện.

·      Thứ hai, thu hẹp sự mơ hồ pháp lý và khoảng trống diễn giải trong việc phân loại giao dịch và đánh giá bản chất kinh tế, qua đó giảm thiểu rủi ro áp dụng sai phương pháp tính thuế.

·      Thứ ba, tăng cường kỷ luật tuân thủ thuế bằng cách thiết lập thời hạn kê khai và nộp thuế có tính bắt buộc cao và có khả năng thực thi rõ ràng trong thực tiễn.

【Biện pháp thực tiễn mà nhà đầu tư và doanh nghiệp cần thực hiện】

Trong bối cảnh này, đặc biệt đối với nhà đầu tư nước ngoài, việc chủ động và chuẩn bị trước các biện pháp sau là rất quan trọng:

·      Rà soát toàn diện toàn bộ cấu trúc chuyển nhượng đối với các giao dịch M&A xuyên biên giới hoặc các giao dịch có cấu trúc sở hữu nhiều tầng thông qua pháp nhân trung gian.

·      Đánh giá thận trọng khả năng áp dụng quy định miễn thuế hoặc quy định loại trừ trên cơ sở bản chất kinh tế của giao dịch, hồ sơ pháp lý được chuẩn bị đầy đủ và thực tiễn vận dụng của cơ quan thuế.

·      Thiết kế trước lịch trình kê khai và nộp thuế, lấy thời điểm chuyển giao quyền sở hữu phần vốn làm mốc, đồng thời tính trước dòng tiền và gánh nặng tài chính tương ứng với từng kịch bản giao dịch.

【Tổng kết】

Việc nhận tư vấn từ luật sư và chuyên gia thuế ngay từ giai đoạn đầu xây dựng cấu trúc giao dịch không chỉ giúp giảm thiểu rủi ro pháp lý và thuế, mà còn có ý nghĩa đặc biệt quan trọng trong việc nâng cao tính dự đoán, tính ổn định và khả năng thực thi của quyết định đầu tư.

Hệ thống thuế và pháp luật đầu tư tại Việt Nam được dự báo sẽ tiếp tục được hoàn thiện và tăng cường theo hướng tiệm cận với các chuẩn mực quốc tế. Trong môi trường đó, chiến lược đầu tư dựa trên nền tảng xử lý pháp lý và thuế phù hợp sẽ là chìa khóa để hiện thực hóa việc phát triển kinh doanh một cách bền vững và hiệu quả.

Lưu ý nhỏ: trong bản gốc có chỗ ghi Công văn số 4658/CT-CS, nhưng phần sau lại ghi Công văn số 4685. Anh nên kiểm tra lại số công văn trước khi đăng hoặc gửi khách hàng.